이원정부제는 현행 대통령 직선제를 유지하되 대통령 권한을 축소하고 국무총리의 권한을 대폭 강화하는 내용을 담았다.

총리는 행정부 수반으로서 치안, 경제정책, 국방 등 행정에 대한 최고책임자 역할을 담당하고, 군통수권과 해외파병 및 조약비준 제청권, 국회(하원) 해산 제청권, 법률안 제출권과 법규명령 제정권 제청권, 내각구성권 등을 행사한다.

5년 단임 직선제로 선출되는 대통령은 국무총리·대법원장·헌법재판소장 임명권, 국회(하원) 해산권, 국민투표 부의권, 계엄선포권과 긴급명령권 등을 갖는다. 4년 중임 정·부통령제는 현행 대통령제의 내각제적 요소를 배제하고 국회 권한을 강화했다.

대통령은 국가원수이자 국정전반을 통할하는 행정수반의 역할을 담당하고, 부통령제를 도입해 대통령 궐위·사고시 부통령이 권한을 대행하도록 했다. 또 정부의 법률안 제출권을 삭제하고, 국회의 예산편성을 보장하는 등 국회의 권한을 강화했다. 자문위는 아울러 이원정부제든 4년 중임 정·부통령제든 국회의 민주성과 효율성을 강화하기 위해 상·하원 양원제와 상시국회제 도입을 제안했다. #